方孔炤，字潜夫，号仁植。今桐城市区凤仪里人。明神宗万历四十四年（1616年）进士，授嘉定州知州。调任福宁知州、兵部主事。明熹宗天启元年（1621年），方孔炤由员外郎提升职方司郎中。但不久太监魏忠贤等当政，原来反对他的官员先后被罢免；同时，东北边境战事频繁，武将竞相把边防视为畏途，凡选任边帅的，大都贿赂魏忠贤求免，方孔炤对此进行了揭发检举。另外，魏忠贤准备进封侄儿魏良卿为伯爵，方孔炤坚决反对，魏忠贤大怒，设法罢免了方孔炤的官职。

崇祯帝即位后，诛魏忠贤，恢复方孔炤官职，又升任尚宝司卿。崇祯二年（1629年），方孔炤因父丧回乡。其时，县城内富家贵族鱼肉人民，黄文鼎、汪国华等为首杀富济贫，烧毁富家房屋。方孔炤认为他们是犯上作乱，设计诱杀了黄、汪等人。服丧期满，方孔炤到京复职。不久，升任右佥都御史，巡抚湖广。刚到任，明末农民起义领袖张献忠已率军由郧阳渡河，方孔炤所部万人，但因多面部署，兵力分散，其中快速部队一骑兵不到总数的十分之一，他激励将士英勇作战，连战连胜。由于张献忠势力强大，总理熊文灿主张招降，张献忠借机假投降，被封为副将；后诈称受抚的陆续而来。方孔炤认为张献忠投降不是诚意，力陈招抚策略的错误，8次上书，上司均未采纳。不久，张献忠再度起兵造反，知道方孔炤有准备，不敢南下，遂引兵西进，方孔炤在荆门、当阳一线阻击，在来家河、神通堡打败了张献忠。张献忠退兵屯兴山。时朝廷派杨嗣昌代替熊文灿，传令楚、川、沅3路会师夹攻张献忠；张献忠于夜间拔营逃走。方孔炤料他“狡诈”，下令原地驻防，不可移动；但已有二位将官迫于杨嗣昌命令，率兵出发，行至香油坪，中计，遭围攻溃败。杨嗣昌在命令军队进击的同时，令方孔炤进驻襄阳。襄阳距香油坪800里，当听到军队被围消息，方孔炤约沅、川两军赴援，两军又被杨嗣昌调往他处，只得率部1000余人兼程往救，赶至竹山，官军已在6天前溃败。由于孤军深入，被张献忠围攻受创。本来杨嗣昌与熊文灿都主抚，只有方孔炤与其意见分歧，这次方孔炤战败，实由杨嗣昌调度失宜所致，但杨嗣昌反借此劾方孔炤贻误军机，逮捕下狱。由于方孔炤长子方以智以血书诉冤，才得以从轻处理，遣戍绍兴。过了很久，方孔炤才因他人荐举复职，命他督理山东军事；没有到职，李自成就已攻北京，崇祯帝自缢；方孔炤遂护送老母归隐白鹿山庄（今桐城县杨桥镇）终老。方孔炤死后，门人私谥贞述先生。