黄斌卿，字明辅，福建莆田人。他的父亲黄起鸣，为重庆通判，死于奢崇明叛乱。黄斌卿因为恩例补为兴化卫百户。参与平定奢安之乱，升为铜山把总。后来。相继升迁为宣府都司、福建抚标游击。在福建与红毛人（荷兰人）交战，并讨伐海盗刘香。张普薇之乱时，参与平叛。

崇祯十年（1637年），进宁绍台参将，统水师镇舟山，加副总兵。招抚海贼，剿灭海盗，因功升为总兵。

弘光元年（1645年）夏，清军破南都后，鲁王立于浙东，与此同时，唐王立于福建，诏封黄斌卿为总兵官，封肃虏伯，黄斌卿以隆武帝为正朔。黄斌卿跋扈，与鲁王君臣多有不合。绍兴陷后，鲁王君臣以兵来会舟山，黄斌卿不纳。后王朝先与张名振等人设计杀黄斌卿，舟山为张名振等人所据。