1934年4月至1935年9月，任红二十六军第四十二师骑兵团政治委员兼师党务委员会书记。1934年5月起任陕甘边区革命军事委员会委员。参加陕甘苏区的创建和第一、第二、第三次反“围剿”斗争，为巩固陕甘根据地进行了艰苦卓绝的斗争。

1935年9月，长征过来的红25军和西北原有的红26军、红27军合编成红十五军团，原红26军的骑兵团编为红十五军团直属骑兵团，仍任直属骑兵团政治委员。10月，参加榆林桥战斗后被“左”倾冒险主义者撤职关押，让警卫员快回去告诉部队立即去筹办马料草，远离军团部，使骑兵团仅抓一人。中共中央到达陕北后平反获释恢复工作，任陕北省委军事部干事，巡视扩红，建成米西23支队。

1936年春在瓦窑堡中共中央党校学习，后任党校随军地方干部大队大队长，5月，任军委直属骑兵团政治委员（军委直属骑兵团又称红军骑兵第一团），参加了西征。

1937年2月，红军骑兵第一团编入援西军，任政治委员。4月，周恩来赴西安被敌袭击后，急调直属骑兵团到甘泉剿匪。8月，军委直属骑兵团在洛川县冯家村为洛川会议警戒保卫，会后高锦纯依据会议精神向周恩来副主席提出，要求深入敌后到抗日前线，周恩来副主席让高锦纯先到抗日军政大学学习一期。10月，调到中国人民抗日军政大学第三期第二大队第四队学习。

1938年3月，毛主席在延安凤凰山麓的驻地接见了高锦纯在内的派往山东的干部，毛主席指示他们，开展独立自主的山地游击战争，创建山东抗日根据地。

1938年4月，高锦纯赴山东，任八路军赴山东干部大队长，整个大队由50多名干部和20多名警卫人员组成。参加领导重建胶东特委和创建胶东抗日根据地，坚持胶东抗日的斗争。

1938年5月至12月，任中共胶东特委委员。6月至9月，任山东人民抗日救国军第三军总指挥、胶东军政委员会主任。9月至12月，任八路军山东人民抗日游击第五支队司令员。12月，八路军山东人民抗日游击队第五支队改名为八路军山东纵队第五支队，高锦纯任支队长，部队发展到7000多人。五支队的建立标志着胶东共产党领导的抗日队伍由独立分散走上了集中统一，胶东从此有了正式番号的八路军，此后胶东的抗日斗争和根据地建设进入了大发展阶段。

1939年1月至1940年9月，任中共胶东（山东第三）区委常务委员、军事部部长。1940年9月，八路军胶东部队奉命整编，第五支队改番号为第五旅，吴克华任旅长，高锦纯任政治委员，兼任政治部主任、中共胶东区委委员。

1942年7月，成立胶东军区，许世友任司令员，1942年8月至1943年3月，任八路军山东军区第五旅政治委员。

1944年，为出席七大赴延安，进中共中央党校一部学习。

1945年9月至1947年12月，任八路军陕甘宁晋绥联防军警备第一旅旅长兼政治委员、关中军分区司令员兼政治委员，担任中共陕甘宁边区关中地委书记，继习仲勋、张德生之后，负责一元化领导陕甘宁边区关中分区工作。

高锦纯在关中分区的工作受到了高度认可，贺龙在1948年1月的西北联防军区参谋会议上表扬了关中分区，他提到“战争一开始，西北局就制订了正确的方针，而五个军分区的执行情况则各不相同，其中执行得好的要算关中分区，军事工作做得特别好，地区扩大了，军队也扩大了。”

1947年9月至1949年2月，任西北野战军第四纵队警备第一旅旅长 、旅党委委员。

1949年2月至6月，任中国人民解放军第一野战军第四军第十师师长、师党委委员。6月至9月，任中国人民解放军第四军副军长兼参谋长。10月至1951年3月，任国人民解放军第四军政治委员、党委副书记。率部参加收复关中、黄龙战役、宜川战役、黄龙山战役、西府战役、澄合战役、茘北战役、冬季战役、春季攻势及墓坳战斗、陕中战役、扶眉战役、兰州战役、河西追击战等解放大西北的战斗。

《中国人民解放军第一野战军战史》称“兰州战役，是西北解放战争史上规模最大战斗最激烈的一次城市攻坚战”，期间高锦纯任四军副军长兼参谋，初期军长未到任，高锦纯代为指挥。

1949年12月，彭德怀致电毛主席及党中央，建议优先选择高锦纯担任新疆第一副主席，获得中央批准。高锦纯按要求一星期内就到达新疆迪化，向彭德怀元帅报道，彭德怀见高锦纯按时来到迪化，高兴地说：“你是临急受命，服从命令听指挥，还是部队干部好领导啊。”

1949年12月至1955年9月，任新疆省人民政府委员会副主席，中共中央新疆分局委员、常务委员（1951年6月起），中共中央新疆分局第一书记（1954年12月起），新疆省人民政府党组书记（1950年1月至1953年4月）。

1955年10月新疆维吾尔自治区成立，任中共新疆维吾尔自治区委第一副书记、常委、书记处书记（至1956年7月），新疆维吾尔自治区人民委员会副主席（至1959年1月）。

在新疆任职期间，高锦纯承担经济、政法、外交等多项工作，兼任多项职务：

（1）新疆省商业厅厅长（1950年2月至1955年6月）。新疆省编制委员会主任、中苏友协副会长（1950年4月至1955年9月），新疆自治区编制委员会主任(1955年10月至1956年12月)，新疆省财政经济委员会党组成员（1953 年9月至1955年6月），新疆省工业交通办公室主任、编制委员会主任（1955年3月至9月），新疆省工业交通办公室党组书记（1955年6月至9月），新疆自治区工业交通办公室主任、书记(1955年10月至1956年6月)。

（2）新疆省政法委员会主任，新疆省第一届各族各界人民代表会议协商委员会副主席（1951年5月至1955年2月），新疆省政治法律委员会党组第二书记（1953年5月至1955 年6月），新疆省政法办公室党组副书记（1955年7月至9月）。

（3）新疆省外事处处长（1952年11月至1955年9月），新疆自治区外事处处长(1955年10月至1956年7月)，中苏友协副会长（1950年1月至1953年5月）

1955年9月到中共中央党校研究班学习。1956 年8月至1960年6月调任中华人民共和国粮食部副部长、党组成员、机关党委书记

1959年4月，受到错误批判审查后，主动要求到内蒙古下放工作，任内蒙古冶金矿山机械厂（1961年调整改称内蒙农牧机械厂）副厂长、厂党委委员。

1962年拟调北京国家农业机械部，10月后《刘志丹》小说事件发生，被人告受牵连，北京专案组调查三次后，虽未明确给予处分，但停止调京。

1964年5月，任内蒙古自治区皮革工业公司副经理（主持业务工作）。“文革“中受冲击，1974年3 月，任自治区二轻工业管理站革委会副主任。1977年9月，任自治区轻工业局副局长、党委委员。

1978年后到中共中央党校学习。

1979年1月至12月，任甘肃省革命委员会副主任兼省财主任，恢复正部级待遇，为甘肃恢复经济发展和开展生产做出了贡献。1979年12月至1983年5月，任甘肃省第五届人民代表大会常务委员会副主任。1983年12月，任中共甘肃省顾问委员会常委。1985年离休，1986年完全恢复原级别。离休后，积极参与革命遗址保护工作，参与推动南梁革命纪念馆建设，1986年参加南梁革命纪念馆落成期间受烫伤。

1995年6月25日因病在兰州逝世。高锦纯同志逝世后，胡锦涛、习仲勋、宋平、迟浩田、司马义·艾买提、杨静仁、赛福鼎·艾则孜、刘澜涛、邓力群、马文瑞、王恩茂、汪锋、王世泰等党和国家领导人发来了唁电或送来了花圈。

参与领导红二十六军骑兵团——陕甘宁根据地最早的骑兵队伍

红二十六军骑兵团是陕甘宁根据地最早的骑兵队伍，高锦纯从1932年至1937年主要任政治委员职务。红二十六军骑兵团从1932年初建立， 到1941初调离，在陕甘宁和内蒙地区历时九年，驰骋上万里，与敌人作战数十次，为开辟和发展陕甘宁根据地作出了贡献。陕甘宁边区地幅辽阔，回旋余地大，敌人多是骑兵，红军骑兵队伍的建立，不但以快制快，有效地对付了敌人的骑兵，而且经常出其不意，奔袭敌人，在战术上起到了步兵所不能起到的作用。在战略上，它可以长驱直入，进行大的迂回，有效牵制敌人，截断咸榆公路牵制延安敌军就是一例。骑兵的声势大，活动范围广，在打击敌人民团，破坏敌人的保甲统治，宣传革命政策方面，也起了很大的作用。

团结、建立胶东抗日队伍，大青杨之战立八路军威名

1938年5月，高锦纯到胶东创建抗日革命根据地，当时胶东有胶东抗日游击第三支队，鲁东游击第七、第八支队，共三支队伍，人员组成比较复杂，混进了一些旧军阀和投机分子，甚至胶东抗日游击第三支队还发生过参谋长赵森堂叛乱的事情。高锦纯对部队进行了整顿改编，并加强了部队的思想政治工作，打造了一支中国共产党领导的铁军。1938年9月，山东人民抗日救国军第三军与胶东抗日游击第三支队正式合编为 “国民革命军第八路军山东人民抗日游击队第五支队”，高锦纯任司令。五支队的建立标志着胶东共产党领导的抗日队伍由独立分散走上了集中统一，胶东从此有了正式番号的八路军。

1938年10月，日军秋山旅团，由张宗援率领，约500兵力出动，前来偷袭掖县革命根据地，欲乘五支队初建、兵员武器尚不充实之机将五支队和革地扼杀于初建阶段。

为粉碎敌人这一阴谋，五支队司令员高锦纯、政委宋澄等，对敌我力量对比进行了分析，决定由高锦纯率领以高一萍为团长的六十一团，于10月15日晚进驻大青杨一带以逸待劳。10月16日晨7时，战斗在大青杨打响，五支队司令员高锦纯命令部队全线出击。战斗在盛家村东大庙、大青杨村东、村西全面展开，战线南北长达十余里。八路军战士虽武器配备差，但英勇顽强、士气高涨，连续打退敌人3次进攻，敌军伤亡230余，狼狈逃窜。

在中国人民革命军事博物馆抗日战争馆的展台上，一挺被称作“老黄牛”的马克沁重机枪，向参观者展示着它的百战功勋。1938年10月16日，发生在平度的大青杨战斗中，八路军五支队就是用这挺唯一的重机枪，打败了拥有多挺轻重机枪和迫击炮的日伪军，取得了抗战初期胶东地区规模最大一次战斗的胜利。大青杨之战保卫了已经建成的蓬黄掖抗日根据地和正在建设中的大泽山抗日根据地，八路军的威名传遍胶东。

兰州战役的七天七夜

兰州战役是西北最后一次战略大决战，是“一战定四省”的陆战经典。其中沈家岭攻坚战是兰州围城攻坚的关键之战，是由中国人民解放军第一野战军第二兵团第四军承担的作战任务，期间高锦纯任四军副军长兼参谋长，初期四军军长未到任，高锦纯代为指挥。

沈家岭为守兰州外围之重要据点，若失则铁桥被我控制，敌逃路被堵，故谓死要死在沈家岭，敌有与阵地共存亡之死命令。因此沈家岭战斗是兰州攻坚战中关键的一场恶战。是最早攻上去和敌人反复争夺的战场。敌人从其它战场抽调兵力，也没有压住四军大无畏的猛攻，打退敌人十几次从团到营、连级的集团反复，激战达到14个小时。我军英勇无畏血洒沈家岭杀败敌军的情况，给马步芳军队以沉重的打击，戳穿了敌人吹嘘兰州防守固若金汤的牛皮，彻底摧毁了马家军的战斗意志，撼动了整个兰州战场。四军在沈家岭连续不断的14个钟头的攻坚战斗中，战斗最勇猛，牺牲最大，战绩最大。兰州战役中，我军一共有十三个团级干部受伤，八个伤在沈家岭战场；有三个团级干部牺牲，全部牺牲在沈家岭，沈家岭战斗的惨烈程度可见一斑。

面对新疆复杂形势，打开政府工作局面

新疆原来没有中共地下党，没有基层组织，还要考虑到有可能发生武装斗争的问题，因此调高锦纯这个有军事背景的人到政府工作，先建政，后建党，打开新疆局面。1950年初，新疆省人民政府成立中共党组，高锦纯任党组书记，包尔汉、赛福鼎等为党组成员。之后，高锦纯曾兼任多项职务，承担繁重工作任务。如，1950年9月后，新疆省政府减租减息工作团60多人，由高锦纯兼任团长，带队深入到吐鲁番地区，与当地党政人员联合试办减租减息工作，摸索在新疆民族地区搞土改的作法，总结经验。

1951年2月，第一野战军暨西北军区党代会召开，高锦纯因新疆工作无法脱身未能参会，王震也希望高锦纯留在新疆，之后，任命四军十一师师长郭炳坤担任四军政委，从此完全离开了征战17年的人民军队。

毛主席对高锦纯同志的评价

1、坚定的共产主义信仰：高锦纯在革命斗争中经历了多次生死考验，如土地革命时期部队多次被打散，但他始终坚持革命信仰，坚持回到革命队伍，坚定革命事业必胜的信念。在抗日战争、解放战争中，高锦纯多次率领部队参加重要战役，表现出非凡的勇气和决心。

2、强大的组织能力：在胶东革命根据地建设期间，高锦纯能够在复杂的军事和政治环境中领导干部，发动群众，成功建立了胶东革命根据地，壮大了山东的革命力量。在各个岗位上，高锦纯都表现出出色的组织能力，善于调动干部和群众积极性，推动工作落实。

3、卓越的军事才能：在解放战争中，高锦纯表现出卓越的智慧才能和领导能力。他先后担任过八路军、西北野战军等部队的高级军事指挥官，在战争中取得了许多重要胜利，如收复关中、黄龙战役、宜川战役、兰州战役等。他还具备较强的策略和战术思维，能够根据实际情况做出正确的决策。同时，他也懂得政治工作的重要性，能够在打仗的同时做好政治工作，赢得了广大士兵和群众的信任和支持。

4、能军能政的综合能力：高锦纯不仅在军事方面表现突出，还具备出色的政治和组织能力。在解放战争期间，他先后担任了军队指挥官和地方政府领导职务，如在担任关中地委书记期间，受到了毛主席、贺龙等领导同志的高度认可，展现出卓越的才干和领导力。在新疆时期，他迅速打开了新疆局势，成功发展了当地经济和文化事业，赢得了人民的信任和支持。在各种岗位上，高锦纯始终保持着高度的政治觉悟和责任心，以实际行动为中国共产党和人民群众的事业贡献了自己的力量。

5、坚决服从党的领导：高锦纯在革命生涯中担任过多个重要职务，不论在哪个岗位上，高锦纯都坚决执行党的领导，完成党交给他的任务。他始终保持着革命热情，在所有岗位上都能发光放热。作为一个忠诚的共产党员，高锦纯为中国革命事业作出了不可磨灭的贡献。