郑蕴早年师从北人学者郑仁弘，后又师从南人学者郑逑，在政治活动中属于南人党。1605年中进士，1610年别试文科乙科及第，历任侍讲院兼说书、司谏院正言等职。临海君之狱时，主张“全恩说”，反对处死临海君。永昌大君遇害后，他上疏请斩被指杀害永昌大君的江华府使郑沆，恢复永昌大君身份并予以礼葬，光海君大怒，将他下狱并流放济州岛，围篱安置。仁祖反正后获释，历任刑曹参判、大司谏、庆尚道观察使等职。期间主张对废世子李祬和仁城君李珙“全恩”，但因反正功臣阻挠未获准，他也很看不惯反正功臣的专横，于1626年辞职。1627年丁卯胡乱后赴江华岛扈从仁祖，但仁祖任命他为都承旨、礼曹参判、吏曹参判等职时，他都不赴任。1633年始出任大司宪，此后历任礼曹参判、大司谏等职。丙子胡乱前夕，郑蕴被任命为吏曹参判，扈从仁祖至南汉山城。他属于斥和派，坚决反对同清朝讲和，在仁祖决意出城投降后，他试图自杀殉国，以刀刺腹二寸有余，所幸被侍者所救。此后隐居乡里，不再出仕，郁郁而终。朝鲜孝宗赠谥“文简”。由于他所属的南人党势力不如西人党，所以他的名声也远不如同样在丙子胡乱期间斥和的被西人（尤其是老论派）所推崇的金尚宪。