7月30日，受到谴责的护理陕甘总督毛庆蕃倚仗权势发难，致电蔡乃煌：“《民呼日报》馆内所设之甘肃筹赈公所收款不多”，“勒令解清”“如有侵吞情事，应行按律严惩”。蔡乃煌马上与租界当局接治，于8月2日晚由坐落在北浙江路(今浙江北路191号)的会审公廨出签拘捕于右任，并不准保释。《民呼日报》案由会审公廨谳员宝颐（代表清廷）和英国驻沪副领事兼会审公廨陪审官布辣德（代表租界当局）负责审理。大家一看便知，于右任虽为“甘赈”发起人之一，但《民呼日报》仅是给予支持，甘肃筹赈公所由专人主持，以此为借口把他抓起来显然属故意陷害。暂代负责报馆的范光启等马上邀集“甘赈”的主事者和经办赈款的银号上堂作证，并呈递账册，律师根据事实严正申明：“甘省灾赈，另有刘道经办，派司账两人管理进出，均有账据，与该报主笔并不关涉。”蔡乃煌接到宝颐汇报，得知难找《民呼日报》“侵吞实据”，就硬是在批复中写道“俟甘省回电为准”，表示要遵从护理陕甘总督衙门的意见。

接着，按照官方的授意，原皖省铁路协理候补道朱云锦、故前上海道台蔡钧之子蔡国帧和湖北新军飞划营统领陈德龙相继向会审公廨控告《民呼日报》“毁谤”，春桂戏园老板也出面作伪证称交“甘赈”钱数与公布账目不符。这样，一波未平又起一波，于右任难以脱离监房。蔡乃煌的爪牙则趁机进行捣乱，从读者手中夺取《民呼日报》，“焚于上海县城门口”。

于右任十分顽强，从监房里面传出了“宁死不停报馆”的话。但报馆同人明白：“报纸一日不停，讼案一日不了”，看到他“被系狱中，备受苦楚”，经商讨再三，“不得不重违于君之意”，在8月14日出版《民呼日报》第九十二期后，停办该报。在会审公廨，宝颐和布辣德围绕对《民呼日报》“侵吞赈款”和“毁坏名誉”的指控，经多次会审都无法使罪名成立，而毛庆蕃和蔡乃煌搞垮该报的目的既已达到，遂于9月8日结案。然而，所下堂谕中仍硬装榫头称：“《民呼日报》馆不安本分，叠被控告，公堂念系初犯，姑予从轻议结。于右任已在押一月零七天，毋须再行押办…”

于右任出狱后，立刻又带着原班人马筹备新的报纸，并在申城各报登《〈民呼日报〉之最后广告》：“本报自停歇招盘业经多日，近始将机器生财等过盘与《民吁日报》社承接。”

1909年10月3日，在原《民呼日报》馆的隔壁望平街黄字160号（有一种说法是仍在原址，只是门牌改了：还有一种说法是仅换了出入之门，内部相通），《民吁日报》问世了。对于报名，于右任的解释是：“以吁之与呼，字形相近，用以表示人民愁苦阴惨之声：而分析‘吁’字，又适为“于某之口’，于沉痛中，尤含有幽默的意味”；另外，“吁”即“呼”去两点，这也暗喻即便清廷扬言要挖掉他的双眼，仍将不停地呼喊。于右任虽实际主持，但不便公开出面，遂由范光启担任社长，景耀月为主笔。《民吁日报》日出对开两大张，版面安排大致类似《民呼日报》，以“宣达民情，鼓舞民气”、“振刷国民精神，提倡国民实力”、“与专横政府对抗，与强霸列强对抗”为宗旨，销量很快直线上升，名声几乎超过老牌的《申报》和《新闻报》。

那时，正值日本加紧与沙俄勾结，阴谋共同攫取我国的锦齐铁路。日本前首相、侵华元凶伊藤博文在访俄途中，窜至我国东北进行活动，于10月26日在哈尔滨火车站被朝鲜爱国志士安重根击毙。申城许多报纸怕引起“国际交涉”，都不敢及时披露此消息。《民吁日报》在事发第二天，就率先用大字标题作整版报道。发表评论，揭露日本对华野心很大：“伊藤之满洲旅行，非独为满洲，为全中国也”；而且，积极声援安重根的义举，称双手沾满鲜血的伊藤博文是“大浑蛋”，死有余辜，并指出：“伊藤死而满洲之风云恐更急。”该报还乘势掀起反对日本侵略的宣传热潮，针对清廷的无能发出质问：“试思今日中国之政府，谁之政府，日本之政府耶？”同时，该报为了号召人们奋起革命，大声疾呼：“清政失纲，东夷乘衅，陵铄诸夏，惧将倾覆国家，沦丧区宇，斯诚志士致命致节之日矣！”日本驻沪代理总领事松冈获悉此事，马上照会上海道台蔡乃煌：“民吁报言论大欠和平，且任意臆测煽惑破坏，幸灾乐祸，有碍中日二国邦交，请将该报惩动，以戒后来。”

上海道台蔡乃煌觉得《民吁日报》几乎就是《民呼日报》，本来也想找茬对付，只是一时难以动手；他见松冈发怒，正中下怀，一面立刻要求法国驻沪领事馆取消该报注册，一面火速要求会审公廨“将该报馆封禁具报”。11月19日，租界当局未经开庭审理，即用“宗旨不正”、“挑动中日衅隙”的罪名查封了《民吁日报》。这激起了公愤，宁苏皖赣四省学界数百人联名分别致电北京外务、民政两部及上海道：“上海民吁报因日领要挟，未讯先封，既失主权，复背报律，舆论哗然，乞大部速伤沪松先行启封，秉公核办。

蔡乃煌对此火冒三丈，派爪牙四处打探于右任的行踪，企图逼他就范。所以，于右任只好东躲西藏，几度遇险。据黄季陆回忆，于右任曾谈起：“民吁报被查封后，清吏蔡乃煌正四处抓拿我，我困守在一间小旅馆里，和孔子‘在陈绝粮'一样无计可施。有一位同志很同情我，但是他和我一样穷，真是爱莫能助。当他经过马路旁一间烧饼铺，乘主人不注意时，取了几个烧饼放人怀里…当我们二人在旅馆中享受这几个烧饼时，禁不住抱头痛哭起来。

当会审公廨为完成程序准备审理“民吁”案，松冈跳出来横加干涉，并暗中让蔡乃煌再施压：“事固属清国之自主权，本官未便予以干涉，但为两国邦交计，望能对此采取断然措施。至12月28日，日方指控《民吁日报》相继发表的《外交回顾之惋叹》、《国民之自觉》、《利益均沾之余焰复兴》、《满洲痛史之鳞爪》、《伊藤怪物之行踪》、《野心家走满之警告》、《外交危机之愈迫》、《满洲风云日急》等六十余篇稿件“为排日之证据”，没有进行辩论，会审公廨就宣布了“案奉道宪扎开”的判决文，判令“该报永远停止出版”、“机器不准作印刷报张之用”。对退隐二线的于右任，会审公解无法直接处罚，便将他“逐出租界”尽管处境堪虑，但于右任想到报馆被封之日，有人忿忿不平地悬“吊词”于门前，晚上“竟有燃香烛痛哭者”，便增添了勇气，他下定决心今后还要继续办报！

由于租界当局的严格限制，于右任无法再次“移花接木”，他奔波了大半年才又办起《民立报》，报名暗寓立定脚跟作民喉舌、继续呼吁之意。

《民立报》于1910年10月11日在上海创刊，仍为日报，每天出版对开三大张，报馆依然设于望平街（后迁到三茅阁桥堍，今延安东路、紫金路口）。此时，原先在上海道台交椅上颐指气使的蔡乃煌已落职离沪，《民立报》由于右任担任社长，宋教仁，吕志伊、范光启、章士钊等先后当主笔。

在发刊词中，于右任把《民立报》比作“植立于风霜之表”，“经秋而弥茂”的“晚节黄花”。该报内容分“论说”、“批评”、“纪事”、“杂录”、“图画”等，新闻报道的版面较多。该报将矛头直指清廷，斥之为“倒行逆施之政府”；对镇压革命的封建官僚进行鞭挞，指其为“民贼”；详细报道黄花岗起义和各地保路、抗捐斗争，赞扬革命党人坚毅勇敢。当同盟会中部总会在上海成立，其报馆立即成为革命党人的通讯联络机关。

《民立报》每期发行量曾达两万多份，运销到许多地方。当时，毛泽东也阅读过该报，据美国记者斯诺的《西行漫记》记述，后来这位伟人在陕北窑洞里谈及：“在长沙，我第一次看到报纸《民立报》，那是份民族革命的报纸，刊载着一个叫黄兴的湖南人领导的广州反清起义和七十二烈士殉难的消息。我深受这篇报道的感动，发现《民立报》充满了激动人心的材料。这份报纸是于右任主编的，他后来成为国民党的一个有名的领导人。”由此可见，该报社会影响非常之大。1911年10月10日，武昌起义爆发，《民立报》首先进行报道，随即专门开辟“武昌革命大风暴”专栏，以整版篇幅介绍起义进展情况。孙中山从海外回到上海，亲自为《民立报》写下“戮力同心”的题词，勉励其保持斗志，呼吁革命党人始终团结一致。

翌年1月，南京临时政府成立，于右任被任命为交通部次长，仍兼《民立报》社长。袁世凯窃国，于右任辞职返沪，继续主持《民立报》。在反对袁世凯的斗争中，《民立报》也是重要舆论阵地。“二次革命”失败后，《民立报》于1913年9月4日被强令停刊。当时，袁世凯以北京总检察厅名义通缉革命党主要成员，于右任也上了黑名单，随时有可能遭遇不测，他不得不暂避海外。

《民呼日报》、《民吁日报》和《民立报》被称作“竖三民”，不少人以为源于它们三个带“民”字的报头，均竖排在首版右上角：其实，这主要是因它们同为于右任一人所发起创办，形式上虽然是三份报纸，而实际可算一家日报的两次再版（与此相对应，同盟会后期在上海的报纸《民权报》、《中华民报》和《民国新闻》，因各有主持人，又同时期创干刊，犹如兄弟并立，被人们称作“横三民”）。在近现代，像于右任这样不畏艰难地按既定宗旨连续筹办多份日报的情形是不多见的。

“竖三民”以“唤起国民责任心”、“造成国心正当的言论”为宗旨，后随着革命形势的发展，言论趋向激烈。它揭露清府及其官僚的种种罪行，斥责它是“冥顽不仁”、“倒行逆施”的改府，支持各地学生的爱国民主运动和上海各界人士的反满运动，详细报道黄花岗起义和爷地革命党人的斗争，人力宣传革命必胜清廷必亡，在当时产生很大影响，日销两万多份，是当时国内发行数字最高的一家革命报纸。

《民立报》不仅是革命派在国内影响最大的宣传机关，它还做为东道主，接待着各地前来上海联络工作、通报消息、接运弹药的革命党人，成为革命党的联络机关。

1911年春，青年毛泽东在长沙考入湘乡驻省中学读书时，平生第一次看到的报纸就是《民立报》，就是这份报对他产生了深刻的影响。1936年，他在保安对美国记者斯诺说：“我成了一个好读报纸的人。……我还发现《民立报》充满了激动人心的材料”。

1911年8月间，毛泽东就注意到了报纸上关于“社会主义”的讨论。他对斯诺说：“当时鼓吹革命的报刊中有《民立报》，它经常讨论‘社会主义’，我就是从这里第一次知道‘社会主义’这个名词。我也同其他同学讨论社会主义。”可以说，《民立报》使毛泽东的思想发生了重要改变，他从那里了解了广州起义，了解了孙中山及同盟会的纲领，了解了“三民主义”，正是《民立报》的影响，使毛泽东开始抛弃康有为、梁启超的改良主义立场，转向了孙中山、黄兴革命派的立场。1919年毛泽东在《湘江评论》上发表文章，也提到了宋教仁。可见《民立报》关于“社会主义”的讨论，对毛泽东的影响是深刻的。