明弘治十一年（1498年），河南参政顾福于祠内建正殿6间。

明嘉靖七年（1528年），“敕赐”庙额、祭文，钦定春秋二祭及祭品，还特遣驸马都尉邬景和来南阳致祭。

清康熙五十年（1711年），南阳知府罗景主持重修武侯祠，按照前人题咏和诸葛亮“躬耕”时的生活起居，复建和增建了小虹桥、梁父岩、抱膝石、老龙洞、伴月台、古柏亭、野云庵等，复置躬耕田，重建草庐，形成著名的“卧龙十景”。此外，还整修了仙人桥、宁远楼，保存了三顾桥，又移建诸葛书院于祠前。

清康熙五十一年（1712年），南阳郡守罗景又进行了一次大规模的整修和扩建。在这次施工中，发现前人咏卧龙岗十景石刻一块，罗景根据这块石刻，进行复原。南阳武侯祠主要建筑布局，仍保持了明末清初的形式。祠院依岗而建，南滨白河，北障紫山，地势开阔，势如卧龙，院内丛竹飒飒，松柏森森，潭水清碧，景色宜人，优美的自然风光与诱人的人文景观交相辉映，令人留连忘返。 文革时期，祠堂内的“千古人龙”、“汉昭烈皇帝”、“三顾处”、“文韬武略”三道石坊及人物塑像、祠内明代成化年间塑造的18尊琉璃罗汉全部捣毁，殿宇饰物砸掉，珍藏的清康熙《龙岗志》、《忠武志》木刻文版被焚烧。

1950年，南阳专署行政干部学校暂设祠内，校长郭思敬率学员在祠周植树10余万株。

1957年，中共南阳县人民委员会将祠列为重点文物保护单位，并拨款对全部建筑进行翻修或补修，在大殿北侧新建廊坊6间，将岳飞书前后《出师表》石刻21方砌于廊壁间。

1959年，祠划归南阳市管理，于祠内成立博物馆。“文化大革命”中，武侯祠受损严重，石坊、人物塑像、18尊琉璃罗汉被全部捣毁，殿宇饰物被砸掉，珍贵的清康熙《龙岗志》《忠武志》木刻文版被焚烧。

1976年以后，地方政府将“文化大革命”中被毁的建筑和设施逐步加以整修。

1976~1980年，新建大门、祠周围墙，重塑人物群像13尊，复原明代十八罗汉塑像。

1981年，大修诸葛亮殿。

1982年，重修伴月台和碑廊；次年，改建大门外原鹅卵石台阶为青石台阶。

1985年11月，大修“宁远楼”。

1986年春，在宁远楼西建盆景园。

1988年，整修扩建卧龙潭，新建七曲桥、玉带桥。

1990年，美籍华人赵连仁捐建“千古人龙”石坊。

南阳武侯祠坐西向东偏南，现存殿堂房舍267间，主要建筑由东而西排列在一条中轴线上，分前后两重，建筑布局严谨，疏密相宜，殿堂雄严，亭台壮观。祠前是“千古人龙”石牌坊，高9米，面阔13.5米，三门四柱楼式，通体布满雕饰，对称的锦纹、图案错落有致。石牌坊高耸门外，望柱冲天。从山门至大拜殿，左右两廊为前部，是人们祭祀诸葛亮的场所。后面的茅庐、古柏亭、野云庵、躬耕亭、伴月台、小虹桥、梁父岩、抱膝石、老龙洞、躬耕田，是根据诸葛亮躬耕时的生活起居而兴建的纪念性建筑。最后是宁远楼，亦名清风楼。山门之外有“诸葛井”和“澹宁读书台”。祠左侧院有关张殿、三顾堂、谢圃亭；右侧院为道房院，原是道人居住的地方。

大拜殿是武侯祠前部的主体建筑，为歇山式建筑，殿前悬挂匾联十余幅，两壁嵌有石刻，中塑武侯诸葛亮坐像，两侧为其子诸葛瞻、其孙诸葛尚立像。

宁远楼是武侯祠后部的主体建筑，也是祠内最高建筑物，为重檐庑殿式建筑。楼正中塑有武侯诸葛亮抱膝长吟像。

南阳武侯祠建筑群，融合了园林建筑、祠庙建筑和当地民居的风格，展现了高水平的建筑艺术，其平面形成丰富，空间组合多变，群体布局和谐。总体格局婉转盘桓，结构幽雅精致，氛围古色古香，意境如诗如画，既不失名士祠的严谨肃穆气氛，也保留了故居园林的活泼清新景象。

碑刻题记

南阳武侯祠廊壁间镶嵌的三百余通碑刻，殿堂上数不清的匾额楹联，碑刻刀法细腻，很多在书法上有相当深的造诣，像岳少保书写的诸葛亮《出师表》碑刻、“还我河山”碑刻和郑板桥的“难得糊涂”碑刻。内有“千古人龙”金字匾额，镌刻有“汉昭烈皇帝三顾处”石碑坊和仙人桥，大殿外的卷棚内匾额、对联琳琅满目，两壁间还镶嵌有历代文人名士的笔迹石刻，真、草、篆、隶，各具特色。

1963年，南阳武侯祠被河南省人民政府公布为首批文物保护单位。

1996年，南阳武侯祠被中华人民共和国国务院公布为第四批全国重点文物保护单位。

南阳武侯祠位于河南省南阳市卧龙路766号。

自驾前往 南阳武侯祠：从南阳站出发，路程大约18公里，约需38分钟。