义宁初年，投身义军。后归附唐朝，跟随秦王李世民征讨各地军阀，参加讨伐刘武周、宋金刚等战争。

武德九年六月初四，李世民率尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九将伏兵于玄武门内，杀死太子李建成、齐王李元吉，夺得帝位。以功被封〇（该字不明）城县开国侯，实食绵州食邑四百户。

李世民即位后，杜君绰晋升为怀宁县开国公，食邑一千户。任忠武将军，行左监门中郎将，担任玄武门、翠微宫、玉华宫等宫殿的守将，贞观二十三年（649年） ，正除右领军卫将军，加上护军。

永徽初年(650年) ，兼任检校左武卫将军，又检校右武候大将军，兼知右厢诸门兵马队使。不久，调往东都洛阳任留守，改左领军将军，加上柱国。唐高宗巡视洛阳时，曾赏赐黄金一百两，绢一百五十匹。并跟随御驾前往许州，敕封检校左卫将军。回京后又检校右卫将军，兼任太子左卫率一职。