原址为元之天师府，明宣德八年（1433），诏仿南京朝天宫改建而成。成化十七年（1481）重修。该年所立之《御制重修朝天宫碑》云：“洪武甲子（1384），即皇城（金陵）西北建朝天宫，规模宏敞，视他观宇特异。凡遇朝廷三大节令，百官预习礼于此。……及宣宗章皇帝践祚之八年，因仿南京之规，亦于皇城西北建朝天宫。……嗣是以至于今日，又五十载矣，殿宇画像，不得不敝者。……遂命官一一新之。以成化庚子（1480）二月为始，至辛丑（1481）六月讫工。首三清殿以奉天尊，通明殿以奉上帝，次普济、景德、总制、宝藏、佑圣、靖应、崇真、文昌、玄应九殿，以奉诸神。又万岁、东西具服殿，以伺驾幸之所。祠、堂各二。钟楼、鼓楼二。碑井亭五：紫虚、朝天、玄都。门三，并蓬莱真境牌楼。他若道录司、斋堂、方丈、诸羽流栖息、厨浴、仓库、厢房，通数千间。神座、阶道以石，周围垣墙以土，崇深广大之观，金碧辉华之饰，既坚且美，实完实足，较之前有加矣！”明刘侗、于奕正《帝京景物略》引明宪宗诗曰：“禁城西北名朝天，重檐巨栋三千间。”可见其规制之宏伟壮丽。清于敏中等《日下旧闻考》卷五十二云：“朝天宫本元代旧址，盛于明嘉靖时，……考《名山藏》所纪，其崇奉与大高玄殿相埒。”“天启六年（1626）六月二十日夜，朝天宫灾，……十三殿齐火，不以次第及，烬不移刻，无所存遗”。此后再无兴复。《日下旧闻考》卷五十二云：“今阜成门东北虽有宫门口、东廊下、西廊下之名，其实周回数里，大半为民居矣。西廊下有关帝庙，乃土人因其余址而葺之者，然止大殿三楹。殿前甬道，绵亘数百武，砌石断续，犹见当时规制。宫后向存旧殿三重，土人呼为狮子府，盖即元天师府也，今皆废。”此朝天宫现也为历史遗迹。