水户藩会泽正志斋更于1825年撰《新论》一书，认为西欧冲击所致之危机，关系到国体之存亡，日本面临的国际形势要求其必须兴造巨舰。

虽然林子平、会泽正志斋等人的进步主张在当时未被幕府接受，但其思想在日本社会，尤其在武士阶层中产生了深刻的影响，民间的许多爱国志士已致力于对西洋军事、炮术的研究，这对幕末发展海防事业和海军诞生，不无推动作用。

黑船事件后，面对严酷的现实，幕府不得不认真地设法加紧军备，因为他们痛切地感到，再延续由幕府直辖沿海防卫的政策，已难应付局面，遂于10月17日撤销了禁造大船令，并采取了一系列措施，如向外国购买军舰（1853年始），设立制铁所、造船厂（1853年始）；开办海军教练所（1855年始），派遣留学生出国学习等，迈出发展近代海上武装的第一步。同时，各藩也组织农兵等武装，加强沿海防御。幕府在其统治末期，已着手致力于扩充海防，短短15年间，即拥有西式舰船45艘。各藩和幕府所从事的海防事业，为日本建立近代海军创造了条件。

真正意义上的日本海军——中央海军，即明治政府海军的创建则始于1868年1月，当时明治政府没有一艘舰船，当然也没有部队。为征发江户幕府，从萨摩、佐贺、久留米三藩抽调“丰瑞丸”、“孟春丸”、“雄飞丸”3艘船只，这就是明治海军组建海军部队之开始。

由于政府军参谋西乡隆盛和幕府大臣胜海舟会谈成功，实现了和平进入江户。4月21日，东征大总督进入江户城，幕府军8艘军舰保留4艘；“富士山”号、“朝阳”号、“翔鹤”号和“观光”号4艘军舰留给明治政府，以这四艘军舰为核心，官军组建了自己的舰队，这就是明治政府直辖的最早的军舰。

而日本近代海军军事机构的建设，是伴随国家官制改革开始的。明治新政府的一切规章制度尚在草创时期，所以官制改革频仍。新政府的军务机关以1868年初设立的海陆军务课为开端， 16天后改为军防事务局，三个月后又改成了军务官。这是海陆军分职的开端。1869年7月，第四次官制改革，实行“二官六省制”，军务官改为兵部省。1872年1月兵部省向太政官申报如下： “海军和陆军的情况迥然不同，其官员不可兼任，须将两种军职分开。故奏请批准废除兵部省，分别设置海军省和陆军省”。23日奏折被批准。1872年2月废除兵部省，设置陆军省和海军省，从此，陆、海军各自并立，大规模建设近代海军的活动逐渐展开。

明治时期的日本近代海军建立以来，无论明治天皇宣布“开拓万里波涛，布国威于四方”的“海外雄飞论”，还是日本海军的武士道精神、天皇主义等军国主义教育和各类海军技能训练，均具强烈的对外扩张倾向。日本海军省、海军教育本部及社会各界，创作大量所谓“旋律动听”的海军军歌，作为“军需品”和精神鸦片，为日本侵略战争歌功颂德、炫耀日本海军的“威武”和鼓舞对外侵略的“士气”。这是近代日本海军频繁对外侵略的重要原因之一。如，日本海军于1874年发动侵台战争、1875年挑起“江华岛事件”、1879年参与吞并琉球、1880年代干涉朝鲜事务，并从1882年朝鲜壬午兵变后以清朝海军为主要作战目标，实施两期海军扩军计划，为获胜甲午海战奠定了基础。

在甲午战争之后，日本海军又在日俄战争中获胜，并参加了后续的“九一八事变”“南京大屠杀”“珍珠港事变”等诸多对外侵略战争，最终走向覆亡。

1941年12月7日，日本海军偷袭珍珠港，挑起太平洋战争，并在短短半年内夺取菲律宾、香港、马来亚、缅甸等东南亚大部分地区，但兵力不足、补给困难、消耗巨大的问题如影随形，日益吞噬日本海军的作战能力。1942年6月，日本海军遭遇“滑铁卢之役”中途岛海战，成为太平洋战争的转折点。1942年8月至1943年2月的瓜达尔卡纳尔岛战役后，美军开始反攻，先是逐岛争夺，后是跳岛作战，经过莱特湾海战、硫磺岛战役、冲绳战役等，在1943年4月18日击毙日本海军联合舰队司令官山本五十六，而日本海军陆战队亦成“末路之师”。中国战场也是捷报频传。1941年2月5日，日本海军大将大角岑生在珠海市斗门县黄杨山坠机身亡。1945年3月17日，日本海军中将山县正乡，因座机误降浙江省临海县海门区而被围歼。这些都预示着日本海军的末日来临。

1945年8月15日，日本宣布无条件投降，日本海军不得不接受盟国的接收和处置。8月22日，日本海军各部基本停止战斗。9月9日，国民政府在南京举行受降仪式，中国海军总司令陈绍宽上将与日本的中国方面舰队司令官福田良三中参加。翌日，国民政府成立全国统一接收委员会，命令海军总司令部参谋长曾以鼎中将负责接收日伪海军。

战后残存的日本海军舰船，除被日本海军侵略的国家和地区的政府与抗日力量直接接收外，其余的在日本本土被盟军接收和处理。1947年2月，中、苏、美、英四大盟国代表协商处理原日本海军舰船的结果，是全部销毁原日本海军的大型军舰，除保留日本维持治安的必需中小舰艇外，其余的135艘各类舰船，由四国平均分配。中国分得34艘，含7艘驱逐舰、17艘护航驱逐舰、1艘供应舰、2艘运输舰、2艘布雷舰、2艘驱潜舰、3艘扫雷艇。这34艘舰船其中有9艘一直停在军港，未曾真正服役；17艘服役于国民党海军部队；4艘被人民解放军俘获，4艘毅然起义，成为人民海军的早期重要成员。

二战后，美国占领日本，实行非军事化改革。然而，朝鲜战争和旧金山体制使得战后改革功败垂成。同时，在太平洋战争结束前，美军为了封锁日本曾在日本沿海敷设了大量的水雷，日本海军为了1亿总特攻和焦土抗战也在沿海布设大量水雷，战争结束后，水雷成了日本海运及人民生活恢复正常的障碍，因此旧日本海军的扫雷部队得以成建制的保留，它的存在为日本海军的重建保留了力量，旧海军的骨干力量也得以保留。

1948年5月，日本政府成立了海上保安厅，设立海上保安队。随着1952年主权的完全恢复，日本快速的拓展了其海上义务和责任，将保卫日本本土和海上交通线的安全作为海上自卫队的主要职责。1952年，日本与美国签订的《日美安保条约》规定远东的安全是联盟责任的主要区域，当然也暗含日本周围的海上安全。后来，日本海上自卫队基础力量逐渐形成，并不断发展。但是，二战后日本的海军战略总是从属于美国在亚洲的地区态势，海上自卫队缺少一个独立的身份，它只是美国军事力量的附庸。

在后冷战时代，日本海上自卫队的职责和任务逐步拓宽，履行的职责已不再限于本土和海上交通线的防卫，作战思想也由近海防御转变为远海积极防御，海上自卫队呈现多样化的发展趋势。

在甲午战争爆发前的20年间，扩充海军成为中日两国竞争的主要方面，北洋舰队的存在，给日本的对外扩张造成了巨大障碍，因此，日本一直将北洋舰队视为“眼中钉”和主要假想敌。在扩张军备的同时，日本海军耗费大量人力物力财力，想方设法搜集北洋舰队的情报。经过长久布局和情报搜集，日本海军对北洋舰队的底细有了较为全面的了解。可以说近代以来日本海军虽然为应对西方列强而建立，但随着军力的扩充和海权战略的确立，日本海军在发展转型的过程中逐渐呈现出扩张的特征，并对中国等周边国家产生觊觎之心。为此，日本海军经过长期准备和情报搜集，最终在甲午海战中击败北洋舰队，并在此基础上展开与俄国海军的竞争，其欲掌控东北亚海上霸权的野心星暴露无遗。

1905年，日本海军在对马海战中大败俄国舰队，充分展示了日本海军过去十年转型所取得的巨大成就。当时转型后的日本海军之所以将俄国舰队作为首选打击对象并予以摧毁的一个主要原因，是因为当时俄军一直在不断地对满洲和朝鲜进行威胁性侵犯，企图夺取该地区的暖水港控制权。为了彻底粉碎俄海军的这一企图，日本海军利用了十年左右的时间，采用三管齐下的方法，对其海军舰队进行了转型，建造了新型作战舰队，对于海军炮弹和战术理论进行了大胆的创新和变革。其当时转型的核心目标是要实现马汉所倡导的决定性海战胜利：夺取制海权，摧毁敌舰队。随着日本舰队在对马海战中大败俄国舰队，日本海军的转型及其扩张也达到了顶峰。著名海事战略家朱利恩·科拜特爵士将对马海战称之为“历史上最具决定性的海战胜利”。

1931年，日本陆军密谋发动了九一八事变，日本海军在侵华问题上被陆军牵着鼻子走，处于被动局面。因为20世纪30年代围绕侵华问题，日本海军的初衷是尽量避免与美国发生直接利益冲突，但海军内部存在强大的舰队派，这股强硬推行侵华政策的势力与陆军密切配合，促使海军整体走到了对外侵略扩张的最前线。九一八事变不仅促成日本海军的强硬登场，更将中国东北问题与日本限制海军军备问题紧密地联系起来。对日本海军而言，九一八事变是1935年日本退出伦敦海军会议的直接原因，而1936年《限制海军军备条约》到期之后，列强在一次大战后就远东问题形成的国际格局被日本破坏殆尽。此后，日本铤而走险，走上了发动对美战争、穷兵黩武的覆亡之路。究其原因，日本海军的对外策略在九一八事变中出现了重要转变，已经在战略层面转而与日本陆军形成较为一致的对外侵略方向。

1937年上海沦陷后，溯江而上的日本海军舰队，先后突破中国军队在长江上设置的江阴、镇江和江宁三要塞区防线，进至南京下关江面，完成从长江水路对南京的包围。向南京进军途中，日本海军舰队协助日本陆军登陆长江北岸，并射击江面中国船只，封锁长江水路。临近和到达南京后，日本海军舰队向江岸及江面试图逃离南京的中国败兵、难民肆意射击，封锁了中国败兵、难民从长江逃离的通道。日本海军舰队是南京大屠杀的元凶之一。

日本陆海军对立的最直接表现，是海军统帅权独立。日本陆军早在1874年2月便于陆军省设立直属机构参谋局，后于1878年将参谋局改为直属天皇的参谋本部，实现陆军统帅权独立。日本海军最初只是在海军省军务局下设军事科负责军令事务，后于1884年2月在海军省设立军事部，以专掌军令。1886年3月，海军省军事部并入参谋本部，并在参谋本部下设陆军部、海军部，陆海军军令机关统一。1888年5月，参谋本部部长改称“参军”，下设陆军参谋部、海军参谋部。翌年3月，陆海军军令机关分裂，重回参谋本部和海军省内海军参谋部的并列时代。这其中的分分合合都反映了陆海军的冲突与对立。1892年11月，仁礼景范海相提出建立单独的“海军参谋部”，遭到陆军激烈反对，后经明治天皇干预才于翌年5月制定《海军军令部条例》，设立直属于天皇的海军军令部，实现海军统帅权独立。

甲午战前日本陆海军虽实现各自统帅权独立，但同时制定的《战时大本营条例》规定平时参谋总长和海军军令部部长并列于天皇之下，战时参谋总长作为天皇的幕僚长，而参谋次长和军令部部长分别作为陆军上席参谋、海军上席参谋，反映了海军地位仍不如陆军。甲午战后，日本海军强烈要求改变“陆主海从”现象。1903年12月，为准备对俄开战，明治天皇决定修改《战时大本营条例》，使参谋总长和军令部部长分别为战时大本营的陆军部、海军部的幕僚长，目的是陆海对等，协力作战，但并未从根本上解决陆海对立、内耗的问题。

日本陆海对立既有彼此基于不同文化基础的军种对立，更是日本藩阀政治斗争的历史延续。裴鑫指出明治政府面临西方列强纷沓至来的海防压力，故在维新之初重视海军建设，且暂时形成“海主陆从”局面。然而，出身萨摩藩的明治维新三杰之一的西乡隆盛因“征韩论”失势后，长州藩阀及其主导的陆军兴起，逐渐压倒萨摩藩阀及其控制的海军，确立了“陆主海从”原则。此后，萨摩藩阀通过其文官集团和明治天皇的支持，不断发展海军势力，才逐渐实现海军统帅权独立和陆海对等。但是，日本海军内主导军令系统的“舰队派”和军政部门的“条约派”，围绕华盛顿会议中日本海军主力舰吨位对美六成还是七成的比例、1930年签订伦敦海军条约是否侵犯统帅权问题等，又展开激烈争论。

日本海军内部的对立，以及陆海对立，已从制度上注定了日本侵略战争的失败结局。段佳欣指出日本陆军在日俄战后依然主张以俄国为最大假想敌国，坚持“南守北进”战略，而日本海军强调以美国为第一假想敌国，提出“北守南进”战略，互不相让，以致日本政府不得不确立“南北并进”战略，以平衡陆海军关系。战时日本陆海军激烈争夺对青岛、连云港等占领区城市的管辖权，甚至彼此瞒报信息、各自秘密研制原子弹、飞机等各类武器，以致出现“陆军造潜艇，海军造坦克”的荒唐景象。

战后日本防卫体制汲取陆海对立的教训，建立陆上、海上、航空自卫队，实施军种混合教育，由防卫省长官负责军政，各军幕僚长负责军令，但除各军幕僚长外，其余人员必须是文官，建立文官掌军制度，避免近代陆海军干预政治的危险“重演”。

近代日本海军史是战后日本学界关注的一个焦点，相关论著纷呈，成果丰硕，但总体而言，自20世纪60年代出现“海军热”，到70年代形成所谓“陆军坏” “海军好”的“海军史观”，再到80年代以来的“海军优秀论”，成为日本保守派和右翼分子否认近代日本海军战争责任的一个重要因素。出身日本陆军士官学校的佐藤晃，认为恰恰是日本海军的“误算”和“欺瞒”导致日本发动对美战争和最终失败，从日本陆海军对立的立场批驳“海军优秀论”。由近代日本陆海军作战参谋级的原幕僚军官执笔，以陆海军未公开的重要史料为基础出版的《大东亚战争战史丛书》，可谓近代日本军事史的权威著作，但仍存在原陆军方面的人负责的卷中批判海军、而原海军方面的人负责的卷中批判陆军的偏颇，且均为各自侵略行动辩解，缺乏对侵略战争的根本性反省。

中国学界的近代日本海军史研究，需要向深度和广度发展。从深度而言，一是既要广泛搜集近代日本海军史的日文资料，也要搜集日本海军侵略的国家和地区的档案资料，还要搜集日本海军相关者的口述资料、回忆录等，毕竟史料是史学研究的基础。二是充分关注和利用日本及各国学界关于近代日本海军史研究的学术成果。三是结合近代日本军政关系和东亚国际格局的时代背景，深入分析日本海军兴衰史，总结其经验教训，探讨其中的偶然性与规律性。从广度而言，一要不断拓展近代日本海军史的研究内容，如细化研究日本海军的侵华活动和战争犯罪等。二要转换研究思路，跳出侧重史学研究的窠臼，广泛运用军事学的方法、理论和技术，在近代日本海军的军事装备、舰船制造、武器性能、战略战术等方面取得进展。三要拓宽研究视野。只有从世界海军发展史的进程中反观近代日本海军的位置和中国海军的现代化之路，才能为我们建设世界一流海军和走向海洋强国，提供客观的历史坐标和正确的前进航向。