更新时间：2024-06-22 18:49
先后领有该地的大名天草种元、小西行长和有马晴信都是天主教徒。从1612年起，江户幕府在实行锁国政策同时，加强了对天主教徒的迫害。他还在领地内大兴土木，为了讨好幕府，主动承担巨额军赋，支援修筑江户城，加重了农民的负担。其子松仓胜家袭封后，巧立名目，盘剥尤为苛酷。宽永十一年（1634年）后，连年歉收，农民无力完纳年贡和各项杂税，松仓胜家对农民施加各种酷刑。与岛原一水之隔的天草岛领主寺泽氏，也采取同样手段迫害农民与天主教徒。
岛原、天草两地自宽永十一年（1634年）以来，天灾不断，农民吃树皮草根充饥，多次向藩府借米，两家领主毫不过问，只用严刑逼租。右卫门和亲友群众为这种暴行逼得忍无可忍，汇合了七、八百人包围并放火烧了田中的邱宅。田中逃进城堡，百姓跑到城堡外，烧了市街。右卫门妻家就在对岸天草岛上，天草的农民也愤而参加起义。
群众推举了一位勇敢而有才智的16岁青年天草时贞（四郎）作首领。他到全岛各地宣传，农民们和被杀教民的遗族都聚集山中、海岛开会，宣誓起义。这些多年受苦的庄屋（村长）、旧藩浪人武士，在起义中发挥了核心作用，10月25日开始了武装暴动。
10月26日，起义军2000多人粉碎了藩署派来镇压的军队，包围了富冈城，在天草四郎的领导下，两地大部分地区已为起义军所控制。参加起义的群众十分广泛，岛原南部13乡全人口的80%参加。其中6乡不论男女老幼一齐参加起义军。从阶级成分看，除农民外，还有手工业者和藩主的奴仆，有天主教徒，也有佛教徒。一些上层农民，如上述的庄屋（村吏）、因失去旧藩主而沦为农民的浪人武士，担任了起义军的指挥。当时被围困在岛原城内的藩吏，飞报幕府和正在江户的藩主松仓胜家，并向邻藩求救。但各藩都观望不前，将军德川家光接报，惊呼这次起义“如昔之一向宗”，忙令正在江户的一些西南藩主赶回本藩，防止蔓延，并调兵遣将前往镇压。
11月中旬，天草的起义军3．7万人（包括妇女儿童）正在攻打富冈城，得悉幕方大军就到，退入岛原南端的旧城堡——原城。12月9日幕军包围原城，3次发动总攻击。起义军用火枪木石反击，正月初三，幕府宰臣松平信纲赶到岛原，调集各藩军12万余人，加紧围攻原城，同时勾结荷兰军舰，从海上炮轰原城，但始终没有攻克。
2月17日幕军全面总攻，28日幕藩军队攻陷原城。
岛原起义使江户幕府受到巨大冲击，为缓和农民的反抗，寺泽氏领地被没收。此后，幕府严厉推行禁教政策，促进锁国体制的最后完成。
岛原起义是幕藩体制确立时期发生的大规模农民武装起义。它是由幕藩领主妄图把农业先进地区业已大量存在的小自耕农重新沦为农奴的倒行逆施引起的，是以备受封建压榨的农民和浪人武士为骨干，借助天主教组织，反对幕藩统治的一次大起义。这次起义撼动了幕藩领主的统治，幕府动员18个藩十几万人的兵力，仅幕府就耗损军费白银四十万两。
岛原起义是披着宗教外衣的农民革命。农民据弃过去天主教宣扬的忍从、殉教等不抵抗思想，努力传播通过武装斗争，建立地上“神国”的思想。这是对封建制度的一次巨大冲击，是有鲜明的反封建性质的革命斗争。
通过岛原起义，德川幕府不单认识到对外贸易对封建经济的威胁，而且更理解到外来宗教对幕藩统治的威胁，由此实行持续200多年的锁国体制。
宽永十六年（1639年）幕府发布第五次也是最后一次锁国令。全面禁止外船来日，命各藩检查航行船只，提高密告外船走私入境者以3倍的奖金，并禁绝国外教会对日本教民的一切联系与影响。
宽永十八年（1641年），将同基督教传教无关的荷兰人一律转移到长崎的出岛，限制外文书籍进口，连朱印船贸易也禁止了。日商受重大损失而破产。锁国后，幕府只限长崎一港，准许中国、荷兰船舶通航，独占了与日本的的贸易。由此日本的外交和贸易全部被置于幕府统制下。输入品中占重要位置的生丝交易则被持有生丝特许证的豪商集团（“丝割符仲间”）独占。