自称“数年以来，或持稿以载所见，或携筐以志所闻”，自奉为“蠹鱼”。藏书楼名“上善堂”，藏有宋版书55种，元版书76种，影宋抄本72种，名人抄本89种，校本36种，且多是毛氏“汲古阁”、钱氏“绛云楼”及赵琦美、季振宜、陆贻典、冯班、叶树廉、赵宦光等家旧藏，并编修有《上善堂书目》，著录较为完备。所藏书均印有名字朱记，别用一印为“得者实之”。藏书印有“得者宝之”、“海阳孙氏藏书印”等。所著《藏书纪要》，是我国清代藏书学的重要著作之一，亦为我国全面论述藏书技术的第一本专著。该书详细地介绍了古人藏书的购求、抄录、校雠、装订、编目、收藏、曝书等，认为图书的质量对藏书楼藏书有决定性作用。全面总结了我国封建社会私人藏书的技术经验，对后世的古籍整理有一定参考价值。近代图书馆学家谭卓垣在《清代图书馆发展史》中，称该书是“整个十九世纪唯一的一本向私人藏书家交待图书馆学术的参考书”。该书有自序，学者黄丕烈作跋。清末叶德辉、缪荃孙等对此书评价极高。另著有《石芝遗话》、《春秋经传类求》等。