清顺治元年（1644年），在阆中设立四川巡抚，不设置总督。

清顺治十年（1653年），因为四川省兵马钱粮皆从陕西调发，乃下诏陕西总督孟乔芳兼督四川。

清顺治十四年（1657年），停止陕西总督兼辖，专置四川总督于成都。

清康熙七年（1668年），四川总督更名为川湖总督，驻地迁往荆州，辖四川、湖北、湖南。

清康熙十三年（1674年），川湖总督分置总督一人于成都，专辖四川事务。康熙十九年（1680年），四川省改隶陕甘总督，湖北省湖南省改为湖广总督兼理。雍正九年（1731年），复置四川总督于成都。

清乾隆十三年（1748年），以金川用兵，始定为专缺，兼管巡抚事。

清乾隆二十四年（1759年），四川总督兼辖陕西，寻停兼辖。