1966年以前，周叔莲主要研究政治经济学和中国农业经济问题；1959年—1961年，参加孙冶方主持的《社会主义经济论》研究；1974年—1980年，主要研究中国工业现代化、工业改革、固定资产投资等问题；1980年以来，主要从事中国产业结构、工业发展战略以及经济体制改革等问题的调查研究。

周叔莲较早论证了“科学技术是生产力”。运用论据论证了“科学技术是生产力”的观点是马克思的经济学理论观点。

国有企业改革是周叔莲研究的重心之一。从理论上论证了国有企业有必要也有可能实行自负盈亏。将中国国企改革和经济体制改革结合起来研究，把改革实践和改革理论结合起来研究。研究企业理论，提出国有企业要自主经营，自负盈亏；研究企业承包经营责任制和股份制，探索国企改革目标，强调以马克思主义指导国企改革研究，梳理国企改革史，研究其规律性，寻求改革出路。1979年，周叔莲与吴敬琏、汪海波对价值规律发挥调节作用的机制以及国有企业实行自负盈亏的宏观条件提出了系统的设想，认为国有企业改革是中国经济体制改革的重要组成部分。1988年，提出为了给国有企业自主经营、自负盈亏奠定更加科学的理论基础，既要坚持“两权分离”理论，又要充实和发展“两权分离”理论。

周叔莲提出了中国应优先发展轻工业的发展战略。提出在一定时期经济建设要把发展轻工业放在优先地位。

周叔莲对中国产业结构和产业政策进行了研究，他强调要改变过去那种直接干预企业经营管理的产业政策，应该在社会主义商品经济理论的指导下制定产业政策。

截至2016年4月，周叔莲已发表论文数百篇。

截至2016年4月，周叔莲已出版文集和专著30余部。

周叔莲提醒青年学者：作为职业研究人员，知识面要尽量要广一点，读书的选择也要广泛一些。除了经济学和管理学的文章，要学点哲学、学点语法、学点自然科学，特别要学好历史唯物论；周叔莲还强调读书、读文章时要记笔记，要整理和保存这些笔记。年轻时的读书笔记是最宝贵的财富。

周叔莲指导培养的学生有时任全国人大社会建设委员会副主任委员、经济学家江小涓等。

由于各种原因，周叔莲在中学和大学时都没有学好英文，也没有系统地学习产业经济学和经济史，这对日后的研究工作造成了阻碍。1953年参加工作之后，周叔莲从中国科学院图书馆和中国科学院经济研究所图书馆借阅了许多美国和英国经济史的著作，通过阅读这些书籍，周叔莲掌握了工业化、经济结构、产业结构、经济发展方面的理论知识。也正是这一段时间的学习，使得周叔莲完成了日后的研究工作。

“周叔莲六十余载如一日，孜孜不倦，著书立言，为中国产业经济和企业管理研究倾注了毕生心血，为建设中国特色社会主义、完善中国特色经济理论体系做出了卓越贡献。”（中国社会科学院工业经济研究所评）

“周叔莲始终站在理论探索的最前沿，堪称中国改革开放时代的‘急先锋’。”（常州市名人研究院评）