明洪武十八年（公元1385年），升兖州为兖州府。 故治在滋阳县（今济宁市兖州区）。领济宁、东平、曹、沂四州二十三县。

清因明制，仍称兖州府，属兖沂曹济道，并为道治所，仍领四州二十三县。雍正年间（公元1723—1735年），沂、曹、济宁、东平四州直隶于省，先后割县十三，不再领州，只领滋阳、曲阜、邹、泗水、滕、峄、汶上、阳谷、寿张十县。金乡、鱼台、嘉祥归济宁州；东阿、平阴、东平州归泰安府；曹州、单县、成武、曹县、定陶、巨野、郓城建立曹州府；沂州、郯城、费县建立沂州府。

民国初，废兖州府。

《兖州府志》是于慎行在万历十八年（1590）至三十五年（1607）致仕家居期间，应兖州先后两位知府易澄瀛和卢学礼的邀请，而用了三年的时间完成的一部府志。该志书最早的刻本是万历二十四年（1596）本，但目前国内已绝少流传，20世纪60年代曾在钜野发现该志书，被认为是孤本，但缺少“人物志”和“典籍志”。80年代，经山东大学著名学者殷孟伦教授拜托日本学者波多野太郎教授从日本宫内省图书寮复制所缺的二志，并由齐鲁书社于1990年出版，终使这部散佚多年的明代方志杰作重新问世，给后人研究于慎行提供了重要素材。