卡尔·林奈痛恨杂乱无章。林奈曾经说过，无法理解不系统的事物。林奈1707年出生于瑞典，1727年进入隆德大学医学院学习，可是他花在学校小植物园的时间却比在教室还多。从小就非常热爱花草树木。1728年林奈转到了乌普萨拉大学（部分原因是这个大学里有更大的植物园）学习。在那里他读到法国植物学家塞巴斯蒂安·瓦扬（Sebastian Vaillant）的一篇论文，论文宣称（当时这个创新令人震惊），植物是有性繁殖的，如同动物有性器官一样，植物也有雄性和雌性之分。塞巴斯蒂安·瓦扬的观点吸引了林奈。作为编目人，林奈反对植物园里成千上万的植物都是各自独立的物种的主张，开始设想把繁殖器官的不同作为植物分类的依据。林奈梦想着给混乱的自然界建立一种秩序。

林奈天生能说会道，热情诚恳，他为自己赢得了强有力的支持者，给他提供足够的财力支持，这样他就能在瑞典各处进行探险，研究各种植物并给它们编目。他花费数月时间走遍乡下各地，记录他所见到的植物，然后进行详尽的描述和研究。在探索过程中，林奈集中研究了植物的繁殖系统。很快，他发现许多植物都有共同的雄性和雌性特点，他把它们归为一类。他把相似的种类合在一起组成更大的类。他发现，根据几个重要特性完全可以把植物分类，自然界确实是存在秩序的。

到1735年为止，他已经记录了4000多种植物，并且把他的分类体系在《自然系统》一书中发表。林奈的分类系统分为8个层次：种、属、科、目、纲、亚门、门和界。这种分类法——创立的唯一根据是植物和（后来的）动物的性元素——引起了很大争议。但是植物学家发现这个方法简单易行，很有吸引力。

1758年，他在书的第十版引入了双名命名法（二名制），用种名和属名为动植物命名。双名命名法完善了林奈的分类体系。他发现了自然界存在的秩序，并且建立了体系来描述这一秩序。直到现在，这个体系仍然富有生命力，仍为人们所用。

属名通常使用拉丁文名词，如果引用其它语言的名词，则必须拉丁化。种加词大多为形容词，也可以为名词的所有格或为同位名词。当形容词作种加词时，要求其性、数、格与属名一致。例如板栗''Castanea millissima'' BL.,''Castanea'' 栗属（阴性、单数、第一格）。有时，名称也会来源于古希腊语，或者是本地语言，又或者是该物种发现者的姓名。

事实上，分类学家通过各种途径来构造物种名称，比如说会开开玩笑或者是一语双关。然而，无论其来源如何，学名在语法上总是被看作拉丁文。因此，尽管生物学家不赞成，二名法名称有时又叫“拉丁文名”。普遍称做“学名”。生物学名常用拉丁文和希腊文词语。双名法通常是以拉丁文为主。前名为属名，后名为种名。

二名法系统的价值体现在它的简便性和广泛性:

二名法命名的程序体现了其稳定性。特别的讲， 当一个种从一个属转到另一个属时（比较常见的现象）， 如果可能的话，种加词保留一致。类似的，如果原来的两个种合并时， 原来各自的种名保留为亚种名。

然而， 这样的稳定性不太绝对。基于分类上不同的观点，根据生物命名法规的名称修订或在分子系统学中的新发现，同一种生物可能有几个不同的学名在流通。 不稳定的另外一个原因是命名应遵循优先原则。

在植物分类学中， 物种的分类阶层自种以下，依次分别为变种、变型Pinus nigra subsp.salzmannii），变种（如Pinus nigra var.caramanica），甚至是更为复杂的组合（如Pinus nigrasubsp.salzmanniivar.corsicana）。

植物名作者的缩写形式由皇家植物园， Kew发布的标准索引为准； 在简要引用中，不需要包括发表日期。标准缩写可以在下面的网址找到国际植物名称索引，作者查询页。

所以，在 ''Pinus sylvestris ''Pinus koraiensis'' Siebold & Zucc. 中，Siebold 指Philipp Franz von Siebold 、 Zucc. 指合作者Joseph Gerhard Zuccarini。

在某些情况下，一个种移到了另一个属中，原作者的名字用括号括起，修订人的名称跟在括号后。例如，美国红杉首先由David Don描述成：Taxodium sempervirensD. Don'。后来,Stephan Ladislaus Endlicher指出它和其他 ''Taxodium''不相似，并将它转入新属，发布了''新组合'' ——'Sequoia sempervirens(D. Don) Endl.。

在关注植物分类详细信息的文章（如植物分类专著），还要加上发表地和时间，但在像百科全书或其它非分类学著作中这样的做法很罕见。在上例中，完整的引用应为 ''Sequoia sempervirens (D. Don) Endl.,Syn. Conif. 198 (1847)''。

在动物分类学中，一个动物物种可以往下细分，应用三名法来命名一个亚种（有时亦称为种族race），例如新西兰的普通鸬鹚（Phalacrocorax carbo）跟其它地方的有所不同， 所以被归入一个亚种Phalacrocorax carbo novaehollandiae。由于动物学仅使用一个种下分类阶元，所以不需要在亚种名前插入任何阶元指示符，人们也明白第三个名称就是亚种名。

动物学名著只用作者的姓，而且必须给出全写而不得缩写，不写作者名字。如果有两位作者的姓相同，则加上其名字的首字母缩写。

例如''Balaena mysticetus'' Linnaeus,1758，也是由卡尔·林奈描述的，Linnaeus 的姓用全写给出，并注明了出版日期1758年。

如果一个种转入别的属，原著者和发表日期用括号括起，表示已经经过了修订，但是修订者和修订日期不予列出。所以白额雁首次由Giovanni Antonio Scopoli描述为 ''Branta albifronsScopoli,1769'''。后来的研究发现它与雁属''Anser''的关系比与黑雁属''Branta''更近，因此被转入该属，现在引用的形式是''Anser albifrons'' (Scopoli,1769)。

在正式的分类著作中，应给出更为详尽的引用。原名和发表信息都要给出，例如 ''Branta albifrons'' Scopoli,1769,Annus I Hist.-Nat. 69'''。